棉籽毛油中残留的少量棉酚，可以在油脂碱炼脱酸过程中除去，不影响油品的质量。去壳棉籽粕的蛋白质含量达50～60%，且棉籽蛋白在质量上近似于豆类蛋白，但由于棉籽粕中残留棉酚的毒性，使其不能直接用作饲料，若用作饲料需要经过专门的脱毒处理。因此很多地区只得将其作为肥料或限量用作反刍动物的饲料，造成蛋白资源的浪费。

　　对棉籽制油工艺也曾作过混合溶剂萃取，即利用棉酚在醇类溶剂中的溶解特性，采用混合溶剂(如己烷、乙醇或丙酮、水)从棉仁中同时将棉油和棉酚提取出来，以得到低棉酚含量的饲用棉籽粕。但此工艺在工业化生产中存在一些问题，如溶剂分离和回收困难，溶剂消耗大，成本高，混合溶剂萃取出的毛棉油中含有大量的棉酚和色素使油品质量下降等。由此影响了此技术在工业上的推广应用。